Pierwszy raz kościół w Lipowej został wymieniony w roku 1350 w spisach pobieranego w Polsce świętopietrza z lat 1346-1358. Kościół w Lipowej powstał około 1350 roku, przebudowany dwukrotnie, w pierwszej połowie XVI i przy końcu XIX wieku. Procesowi powstawania nowych parafii towarzyszyło również zjawisko ich zanikania. Były włączone do sąsiednich wskutek przemian ludnościowych, jak i niedostatku środków utrzymania. Zjawisko to było znane szczególnie w wiekach XV-XVI na terenach górskich. Taki los spotkał parafię w Lipowej, która wraz z Cięciną została przyłączona do Radziechów.
Kronika kościoła radziechowskiego podaje, że Lipowa była pierwotnie probostwem, a około 1585 roku zmieniona została na kościół filialny wraz z fundacjami i dochodami. W roku 1850 została podniesiona do rzędu kapelanii lokalnej.
W latach 80. XIX wieku mieszkańcy Lipowej rozpoczęli starania o budowę nowej świątyni, która miała zastąpić dotychczasowy, pozostający w złym stanie kościół drewniany. Początkowo rozważano realizację projektu będącego kopią kościoła w Brzeszczach. Dyrekcja dóbr arcyksięcia Albrechta Habsburga z Żywca (patrona kościoła w Lipowej) odrzuciła jednak przesłane plany, równocześnie zobowiązując się do sporządzenia nowego projektu i kosztorysu. Ich opracowanie zlecono w roku 1886 arcyksiążęcemu zarządcy budownictwa, architektowi Karolowi Pietschce, który nadał świątyni formy neogotyckie. Zasadnicze prace budowlane prowadzono w latach 1894–1897, stopniowo otaczając stary kościół murami i usuwając części drewnianej świątyni. Jej funkcję przejęła tymczasem nowo wzniesiona zakrystia. W latach 1897–1900 powstały główne elementy wyposażenia wnętrza. Konsekracji budowli dokonał 1904 roku bp Anatol Nowak. W świątyni znajdowały się już wówczas neogotyckie ołtarze, ambona, chrzcielnica oraz ławki, wykonane w nieustalonej pracowni w Krakowie. Prace nad dekoracją i wyposażeniem kościoła kontynuowano z przerwami do roku 1912. W tym czasie wymalowano wnętrze (1909), a w latach 1909–1910 zakład S.G. Żeleński zrealizował według jego projektów witraże figuralne do prezbiterium, nadto wyzłocono ołtarz główny. Kilkanaście lat później postanowiono przeszklić witrażami pozostałe okna: w zakrystii i w nawie. Zamówiono je w krakowskiej wytwórni witrażów Industria. Stan kościoła w okresie międzywojennym nie był zadawalający. W roku 1930 komitet parafialny podjął uchwałę dotyczącą konieczności remontu (planowano przeprowadzić go w następnym sezonie budowlanym), który miał objąć wymianę pokrycia wieży i sygnaturki, zniszczonych cegieł, obramowań okien i portalu oraz posadzki w zakrystii. W roku 1947, przeprowadzono prace renowacyjne po zniszczeniach wojennych. Dziewięć lat później rozbudowano zakrystię. Prace prowadzone w późniejszym okresie dotyczyły głównie wnętrza: w roku 1967 powiększono chór muzyczny, w 1982 obito boazerią część cokołową oraz założono strop kasetonowy podchórza, w 1985 poświęcono ołtarz posoborowy, a na początku lat 90 wykonano malowidła na ścianach i sklepieniu.
Święty Bartłomieju-módl się za nami